通过向养殖水体中添加有机碳源，提高水体中的碳氮比（C/N），促使异养细菌数量大量增长，水体中氨氮及其它无机氮被异养细菌同化生成自身菌体蛋白物质。水体中细菌菌落、浮游动植物和悬浮颗粒物等通过生物絮凝作用形成可被鱼类摄食的生物絮凝体。絮体中大量的异养细菌可同化吸收水体中无机氮，残饵粪便的剩余营养素可得到重复利用，既可净化养殖水体，又能提高饲料蛋白质利用率。
当水体 C/N值很小时，无机氮素的消除主要依赖水体中藻类和一些自养微生物等来清除；当C/N 值在 8-10时，水体主要依赖自养微生物和异养微生物之间相互协同的作用来完成清除过程；当在水体中添加大量碳源提离其C/N 值达到 15以上时，系统则主要依赖异养微生物来清除养殖水体中大量的无机氮。当 C/N达 17.57 时，可以促进微生物合成菌体蛋白，并有效降低养殖水体氨态氮和亚硝态氮。
据研究，1克氮转化为蛋白质至少需要5.25克左右的碳水化合物，而在实际生产中随着养殖高峰期到来，饵料投喂量大幅增加，即氮越来越多，而碳则相对不足，特别是在阴雨天气，光合作用差，补充碳源能有效促进反硝化菌将池水中亚硝酸盐转化为无毒的氮气，降低氨氮、亚硝酸盐的含量，是养殖中后期藻菌调控的关键之一。